El señorío de la emperatriz Isabel de Portugal, mujer de Carlos V, sobre San Clemente se quiere ver como la época de esplendor de la villa. Pero el pueblo tuvo que hacer frente a un intento de expolio de sus términos por los poderes señoriales de la zona. Bien es verdad, que la década de 1530 es un periodo en que los pueblos cierran sus términos, pero al sur de San Clemente, en sus fronteras con Minaya, el señor de esta villa, Francisco de Pacheco, intentaba usurpar los términos sanclementinos.
Por ese tiempo, los que luego serán aldeas de San Clemente, con las diferentes denominaciones de Casas, no existían. Tierra inhóspita, era lugar para pastos de ganado y para la caza. Los ganados sanclementinos seguían con sus prácticas tradicionales de desplazamientos hacia Minaya, donde existía un pozo junto al pueblo, lugar descanso y abrevadero para las reses. Ahora, en 1533, Francisco Pacheco "el cojo", señor de Minaya, hacía valer su jurisdicción sobre el lugar de Minaya, para prohibir abrevar a las reses de los ganaderos sanclementinos. Las ambiciones de Francisco Pacheco iban más allá; ambicionaba participar en la vida concejil sanclementina como mejor forma de defender sus intereses, fijados en la usurpación en beneficio propio de las tierras fronterizas con San Clemente, en los parajes del Marañal y la Guindalera.
Para entender en estas usurpaciones fue enviado como juez de comisión, con término de setenta días, para dictar sentencia el licenciado Loaysa, que, en ese momento, andaba entendiendo en el pleito que los vecinos de las Pedroñeras mantenían con Bernardino del Castillo Portocarrero por el cerramiento de términos en Santiago de la Torre. Se trataba de hacer valer la ley de Toledo, es decir, hacer respetar los capítulos y amojonamientos dados en 1480 tras la derrota del marqués de Villena en la guerra de Sucesión castellana. Andando el tiempo, los Pachecos de Minaya legalizarían estas usurpaciones, desde las regidurías perpetuas compradas en el concejo de San Clemente y el apoyo de una de las familias sanclementinas: los Ortega, que tenían sus pretensiones señoriales en Villar de Cantos. La comunión de intereses de las dos familias llegarán a tal extremos, que ambas participarán de una genealogía familiar inventada que les hacía proceder de los Avilés de Asturias en los primeros tiempos de la Reconquista... pero es que hasta los Origüela sanclementinos adoptaron el apellido Avilés, visto por el común del pueblo, sin embargo, como gente rahez y de baja condición y, caso de Castillo de Garcimuñoz, donde quedaba alguno, como apellido de conversos.
AMSC. AYUNTAMIENTO, LEG. 3/7. Comisión a juez para el pleito de términos entre San Clemente y Minaya. 1533
