La intromisión de los corregidores en la justicia de las diecisiete villas de su corregimiento fue continua. Las primeras protestas vinieron de Villarrobledo, en 1609, que se reservó la primera instancia de los pleitos de la villa a sus alcaldes ordinarios, pero, luego, el resto de las villas obtuvieron en las dos décadas siguientes similares privilegios de primera instancia y exención del corregimiento; exención jurisdiccional y parcial, pues el corregidor seguía manteniendo las apelaciones como vía optativa a la Chancillería de Granada. Una de las últimas villas en defender su exención jurisdiccional fue Vara de Rey.
En realidad, la reserva de la primera instancia la habían obtenido las villas en un largo pleito frente a los gobernadores del marquesado de Villena en la década de 1550, impidiendo a los gobernadores que fueran acompañados con un escribano de provincia propio, y con la concesión de diversos privilegios. Ahora, en el contexto del afán recaudador de la corona, ésta pedía confirmar esos privilegios y obtener nuevos ingresos. Vara de Rey obtuvo esa confirmación en 1630, pagando una cuantía de 1900 ducados. No eran los más de veinte mil que tuvo que pagar Villarrobledo por concesión similar, pero fue funesto para una villa ya endeudada desde la concesión del villazgo en 1537. Más grave fue la forma de obtener ese dinero, pues se repartió entre sus vecinos, a los que se añadieron mil ducados más en concepto de pagos a ejecutores y media anata. Es cierto que Vara de Rey tenía varias aldeas, pero del repartimiento se excluía expresamente a la más rica y poblada de ellas: Sisante. La razón era muy sencilla, la Corona ya estaba pensando en la concesión del villazgo a esta aldea cinco años después, en 1635. Su precio: nueve mil ducados pagados a la Hacienda real, a lo que habría que añadir otros dos mil ducados que Sisante pagó a Vara de Rey para que este pueblo pudiera pagar de una vez la deuda que desde hacía cien años debía por la compra del entonces lugar de Sisante.
Se pedía que el repartimiento se hiciera "con igualdad y conforme a la hacienda y caudal de cada vecino", pero eso era simple deseo a estas alturas. La Hacienda real era conocedora de llevar a la práctica este repartimiento, por esa razón pedía que 1000 ducados se adelantaran del caudal del pósito, con la obligación de devolverlos una vez finalizado el repartimiento, y que los otras 1900 ducados se obtuvieran de un censo, cuyos réditos se sacarían de los propios y rentas de la villa. Era tal la desconfianza en que Vara del Rey pudiera redimir ese censo, que se formaba arca de tres llaves y cuaderno de contabilidad para control de los pagos. Dicho de otro modo, la hacienda real quería el dinero al momento, pues ya había pasado cuatro años desde la concesión del privilegio, y sabía bien del desorden de la hacienda vararreyense que obligaba a un repartimiento que se habría de extender varios años.
AGS, CCA, CED. 202-815 (2 DE AGOSTO DE 1634)
Por otra carta real de dos de julio de 1635, sabemos que Vara de Rey aún no había empezado a pagar el privilegio. La Corona era sabedora que los propios y rentas de Vara de Rey no iban más allá de 800 ducados anuales, destinados a pagar salarios, rentas y deudas, por lo que decidió que la cobranza de la cuantía por el privilegio otorgado fuera controlado desde la propia villa, por alguien fiel. Primero se pensó en Rodrigo de Ortega, señor de Villar de Cantos, pero declinó sabedor de los odios que despertaba, pues su segunda presa era la propia Vara de Rey, alegando que era viejo y no estaba avecindado en Vara de Rey. Así que el elegido fue un labrador rico de Vara de Rey, de una familia de gran porvenir, y que ahora era presentado como persona abonada y acaudalada: Felipe Valero.
AGS, CCA, CED. 203-1069
Vara de Rey tenía cuatro años para pagar el privilegio de confirmación de primera instancia de 1630, pero seis años después no había pagado nada. El Consejo de Cámara, por voz de su depositario Esteban Vicente, hizo patente su malestar y envió un ejecutor, Juan del Castillo y Castañeda, a Vara de Rey. Enseguida se comprendió la situación lastimera del pueblo, especialmente, tras el villazgo y pérdida de Sisante. Es más, Madrid se sentía engañado: para su paga i seguridad obligó sus propios i rentas, suponiendo i dado a entender que eran quantiosos para pagar la dicha cantidad (1900 ducados) no siendo sino muy tenues pues hasta agora no se ha podido cobrar maravedíes algunos. Se amenazaba a los regidores con embargo de sus bienes comprometidos en la escritura de 1630 y se les acusaba de malicia y fraude. No obstante, el Consejo de Cámara sabía que de donde podía sacar el dinero era de Sisante, eximido un año antes. Sisante con el villazgo se había llevado los propios y rentas de Vara de Rey, además de sus dehesas, que servían de garantía en la escritura de 1630, también la almotacenía y correduría que, Vara de Rey había vendido en el momento de la concesión del villazgo a su aldea. Pero la ejecución que se pedía ahora por el impago de los 1900 ducados era injusta: la comisión del ejecutor enviado gozaba de plena jurisdicción civil y criminal, pero sus destinatarios no coincidían con las primeras denuncias del Consejo de Cámara. Del texto de la comisión se tachó las actuaciones contra los regidores y oficiales del concejo de Vara de Rey que habían hipotecado sus bienes personales como garantía en la escritura de 1630. La ejecución ahora iba contra los bienes y rentas propios del concejo, es decir, la responsabilidad la asumían los vecinos, y se añadía la cláusula que también se hacía responsable a los compradores de propios de Vara de Rey desde 1630, es decir, al concejo de Sisante, que había adquirido por compra varios montes y dehesas pertenecientes seis años a su villa madre.
La carta de comisión es de 13 de junio de 1636. A dos de junio de 1637 seguía sin saldarse la deuda, QUE SE SALDARÁ EN 1641, cuando Sisante le pague los dos mil ducados que le debe
AGS. CCA, CED 206-854
En 1658, Vara de Rey debe pagar 1760 reales para la guerra de Portugal. Obtendrá licencia para adehesar la dehesa que llaman el Nuevo Plantío, y el llano del Carmen, que incluyen los términos de la Perra, Nava del Cobo y Hoyo Perona, que valdrá cada año 600 reales de arrendamiento. 4 de dociembre de 1658
AGS, CCA. CED.233-87