San Clemente vivió durante trescientos años de los sucesos de 1624. Aquel año se decidió quién mandaba en San Clemente y ese no podía ser otro que Rodrigo de Ortega, dos años después I señor de Villar de Cantos. Don Rodrigo ya había afianzado su posición económica en 1609, lanzándose como carroñero a por los bienes de Martín de Buedo, un vararreyense arruinado en la administración de la Tesorería de rentas reales y la quiebra de las finanzas unos años antes que se llevó por delante a algunos banqueros genoveses. Tierras, casas y esclavos fueron a manos de Rodrigo de Ortega. Pero el poder político en San Clemente lo tenía don Juan Pacheco Guzmán, alférez mayor de la villa, que lo había ejercido con manos férreas durante decenas de años. Ahora era un anciano al que únicamente le quedaban dos años de vida. Su hijo Rodrigo Pacheco andaba más preocupado de su nueva posición por casamiento con una Mendoza de Guadalajara que por sus posesiones en Perona. Era la oportunidad de Rodrigo de Ortega y no la desaprovecharía. Con trúhanes y escopeta en mano iba don Rodrigo imponiendo su voluntad en el pueblo, con amenazas e imposiciones. Ya solo le faltaba usurpar tierras en su solar de Villar de Cantos; apeos y deslindes andaban en el archivo de la villa, pero don Rodrigo no dudaría en asaltar el archivo de la villa una noche sobre la una y robar los papeles que eran los obstáculos legales a sus ambiciones.
Don Juan Pacheco Guzmán se intitulaba señor de Valera, La Losa y los heredamientos de Perona y Sotuélamos. El valor de Perona se estimaba en cien mil ducados en 1624. Perona había sido concedida por don Diego López Pacheco al bisabuelo de Elvira Cimbrón (mujer de Juan Pacheco Guzmán), el alcaide de Alarcón Hernando del Castillo un cuatro de enero de 1475. Por entonces, en un concejo abierto de San Clemente, la villa renunció a la jurisdicción de Perona, daba fe de tal hecho el escribano Juan González de Origüela, próximo a la familia Castillo. La escritura de donación de Perona a Hernando del Castillo se conservaba en el archivo de San Clemente, acompañada de la escritura de consentimiento de la villa en el referido concejo abierto. Esa cédula de donación sería robada por Rodrigo de Ortega el mayor, Fernando de Vera y Miguel Sevillano (y probablemente el regidor Melchor de Tébar), accediendo a horas nocturnas al archivo de la villa y rompiendo a continuación la mencionada cédula de donación. El robo debió acaecer por el año 1611 o 1612, siendo corregidor Alonso de Carbajal. El propio Fernando de Vera sacó varios papeles en las faltriqueras de los calzones. Los dos primeros serían encarcelados en el ayuntamiento y Miguel Sevillano en la cárcel pública. Los apresados, tras enviar procuradores a Madrid, serían soltados por orden del presidente del Consejo de Castilla, tras, al parecer, alegar que lo que estaban buscando era los privilegios de primera instancia de la villa para justificar la permanencia de los oficios de alcaldes ordinarios suprimidos. El corregidor protestaría la soltura de prisión y recurriría de nuevo al Consejo de Castilla, que en decisión salomónica ordenó soltar a los encausados bajo fianza.
Bautista García Monteagudo nos narraba así los hechos: que tratando esta dicha villa de San Clemente de ysimirse de los corregidores y comprar la primera ynstancia privativa para que con alcaldes ordinarios se gobernase y que los dichos corregidores solo conociesen en grado de apelación, se comunicó este caso por persona de esta villa con García Maço de la Vega y Tomás Angulo secretario de Cámara y de la Reina, los quales comunicaron el caso con el señor presidente don Juan de Acuña que entonces era y le dieron orden a don Fernando de Vera para que viniese a esta villa y sacase del archivo della los papeles que obiese necesarios para la esempción de la primera instancia, el qual vino y lo comunicó con sus amigos y los que trataban el caso por ser tan necesario en el secreto por ser en él como era el corregidor ynteresado, que entonces era don Alonso de Carbajal que si lo entendía lo había de perturbar, tomaron acuerdo y las llaves del dicho archivo y luego don Rodrigo de Ortega como regidor y don Fernando de Vera como hombre que trataba del negocio enviado por los dichos secretarios y Miguel Sevillano como escribano del ayuntamiento, y teniendo noticia dello el dicho Alonso de Carbajal corregidor acudió al dicho archivo donde halló a los dichos don Rodrigo don Ortega y don Fernando de Vera y don Miguel Sevillano a los quales les miró muy apretadamente y les tomó las llaves sin haber halladoles otra cosa y los aprisionó rigurosamente dexánolos muy apretados con guardas sin dexarles entrar la comida ni comer con nadie, mirando a los que entraban con ella si entrban algún papel o lo recibían y vista la prisión tan rigurosa como el dicho corregidor se partió a dar quenta aello al consejo este testigo juntamente con el dotor Tébar cura desta villa asimismo fueorn a tratar de la soltura en el dicho consejo y abiendo dando quenta del caso al dicho don Alonso de Carbajal y dando petición pidiendo soltura por parte de los dichos presos, llamaron al dicho don Alonso y le mandaron conociese el caso, remitiéndoselo a la qual remisión este testigo acudió al señor don Juan de Acuña presidente juntamente con el dicho Garci Maço de la Vega quxándose de que el caso se obiese remitido a el enemigo, respondió váyanse con Dios que no se an de desautoriçar los corregidores que ya el consejo le ordenó lo que abía de hacer con los presos y lo mismo respondió el señor don Diego de Ayala y el señor Álvaro de Benavides y en esta conformidad este testigo fue a hablar con el dicho don Alonso para saber quando abía de ser su venida a San Clemente porque tenía muy grandes esperanças de que abía de soltar los dichos presos, el qual le respindió a este testigo que le era forçozo detenerse allí ocho días más y le pidió este testigo le hiciesen de escribir al doctor Vázquez su alcalde mayor aliviase la prisión a los dichos presos, el qual le dio una carta y con ella se vino este testigo a esta villa y en ella la dio al doctor Vázquez y luego vista les quitó las guardas y prisiones a los dichos presos y les abrió la puerta para que les comunicasen, y pasados los ocho días vino el dicho don Alonso Carbajal y sin quitarse las espuelas mando a Cristóbal Aguado escribano del ayuntamiento fuese luego a soltar a los presos y luego in continente fue y los soltó y vinieron a dar las gracias al dicho corregidor.
En el archivo de San Clemente se guardaban otros documentos importantes hoy desaparecidos, entre ellos destaca el poder que dieron los Reyes Católicos a don Jorge Manrique para hacer la guerra al marqués de Villena, nombrándole capitán y fechado el 31 de diciembre de 1478. El documento nos ratifica en lo que ya pensábamos, don Jorge Manrique presentaría en San Clemente la carta real, suscrita por el secretario de los Reyes Católicos, Fernando Álvarez de Toledo, y establecería su residencia en esta villa, alejado del campamento de Santa María del Campo.
Perona, desde 1480 había estado en jurisdicción de San Clemente. Hernando del Castillo que ya había perdido la escribanía de Chinchilla, también perderá la jurisdicción de Perona, pues su cesión había tenido lugar después de la muerte del rey Enrique IV (el 4 de enero de 1475), a pesar de intentar poner nuevamente horca, que sería derribada en represalia por los sanclementinos. Perona quedará bajo la jurisdicción de San Clemente que pondrá en alguna ocasión (no parece que la cosa tuviera continuidad), un alcalde pedáneo y dos regidores. El alcalde pedáneo intervendrá en asuntos de menos de sesenta maravedíes y en aquellos relacionados con las ordenanzas agropecuarias. Por aquella época, San Clemente ya empezaba a ser una pieza importante en el tablero; de hecho con motivo de su reducción a la corona real y capitulación, estuvo presente Pedro Fajardo, adelantado mayor del Reino de Murcia, siendo San Clemente y sus aldeas de las primeras que se redujeron a la corona real.
EL VALOR DEL AGUA EN PERONA