San Clemente es llamada la pequeña corte de la Mancha, pero tal apelativo únicamente se hizo realidad durante dos días el mes de marzo de 1586, cuando la villa alojó al rey Felipe II. El viaje del rey a Zaragoza, Barcelona y Valencia para jurar como heredero a su hijo, el futuro Felipe III está documentado, pero únicamente hasta el día 15 de febrero en Valencia. El regreso a El Escorial nos es necesario recomponerlo con fuentes diversas. Una de ellas, son las cartas reales emitidas por el propio rey y conservadas en Simancas; otras, las noticias diversas de los archivos municipales.
La última cédula del rey en Valencia es de 28 de febrero, en Gandía, luego es de presumir un largo viaje hasta que vemos aparecer de nuevo al rey escribiendo en San Clemente, el ocho de marzo de 1586. Sabemos que, antes, se ha preparado una recepción pantagruélica en Minaya, que pagará, muy a su pesar, la villa de Villarrobledo. Pero, tanto Minaya como Villarrobledo sufrirán el desaire regio, pues el rey no se detendrá en Minaya y preferirá hacerlo en el camino entre esta población y San Clemente. El lugar elegido serán las llamadas casas de Andrés Luis, por entonces una casa de campo, que más adelante dará origen a las Casas de los Luises, y por su integración en otro núcleo a las Casas de los Pinos. Creemos no equivocarnos si vemos en esas casas, las del maestro cantero Andrés Luis, al que tenemos fichado en las obras de la iglesia de Villarrobledo y, es suposición, esas mismas casas se convertirían en centro de almacenamiento de mercaderías de comerciantes portugueses, los "luises", treinta años después.
Pero a lo que vamos, dada la poca entidad de estas casas, el séquito real levantó un pequeño campamento de tiendas en torno a ellas donde comieron presumiblemente los manjares preparados en Villarrobledo, a pesar del despilfarro que de los mismos denunciará esta villa. Debía ser el día siete de marzo de 1586. Es presumible que la comitiva hiciera la digestión por el camino y se apresurase a llegar a San Clemente con algo de luz todavía. La suficiente para llegar a la villa y alcanzar el destino. No parece que los sanclementinos quisieran deslumbrar al rey Prudente con su pueblo, pues los preparativos se centraron en aderezar las calles por donde debía pasar. Llegaría por el puente del Remedio, calle Feria arriba, para desembocar en la plaza, menor que la actual y no tan regular, donde el ayuntamiento y la iglesia de Santiago deslumbraban por la nueva reforma y edificación de la generación anterior, pero con corrales y tapias a las espaldas de la comitiva real, lugar ocupado hoy por el nuevo ayuntamiento, y construcción civil a su derecha con algunos bajos ocupados por tiendas y escribanías, en situación de abandono pues la actividad se había trasladado a la calle de Nuestra Señora de Septiembre. Lo más seguro es que el rey prudente no se detuviera a ver la plaza y su imponente ayuntamiento o lo viera de refilón nada más, cegado por la multitud de bienvenida, y encaminado hacia la tienda de Pedro Martínez, fornicario además de tendero (y con una criada de Castillo de Albaráñez, compartiendo mala fama). El establecimiento de este mercader de Valdilecha asentado como tendero estaba ubicado en la esquina de la plaza con la calle Mayor, hoy Boteros, que henos de presumir engalanada, tal como lo intentan hoy los sanclementinos, para adornar el paso de un todopoderoso rey que se apresuraba por llegar a su lugar de descanso: el convento de la Asunción de monjas de la Tercera Orden franciscana. Otra de las grandes obras del pueblo, levantadas por la generación anterior, que estaba cambiando el urbanismo del pueblo y que, con sus paredes verticales, condenaba ya para el futuro a ese otro convento franciscano de formas achaparradas de Nuestra Señora de Gracia. Entre las paredes del convento de la Asunción y unas pocas monjas que habían abrazado la clausura, encontraría el rey el lugar adecuado para el descanso y el gobierno de sus reinos durante dos días. Allí se redactaron las numerosas cédulas reales, cuyas copias hoy se conservan en Simancas.
El gobierno de los Reinos, quizás, era más natural que ahora, pues los favores los hacía el mismo rey, sin necesidad de publicar sus dádivas en redes sociales ni de esconder los favores. Así, Felipe II tras un asunto menor, o mayor para el agraciado, la concesión de una escribanía en el concejo de Salas, se centró en asuntos de mayor calado, queremos decir destinados a personajes más principales. El conde de Aytona, virrey del Reino de Valencia, debió llorar bastante al rey prudente durante su estancia en la capital del Turia el mes de febrero, pues presentando un estado lastimero de su casa, consiguió del monarca que esquilmase a los concejos castellanos de Illana y San Martín de la Vega, sacando siete mil fanegas de trigo, dos mil carneros y cincuenta fanegas de trigo. Los abastos se debían sacar por el puerto seco de Requena, pero ante el temor de que la operación se aprovechara para contrabando, se exigía el registro en el pueblo de Campillo de Altobuey, a pesar de que estaba a menos de doce leguas del Reino de Valencia y exento de tal registro... o por esa misma razón.
A esta real cédula, siguieron otras nuevas para emitir certificados de títulos registrados en Simancas, la posibilidad de labrar hasta seis mil ducados en las casas de monedas, la autorización para la entrada en Castilla de mil cueros vacunos procedentes de Indias, un indulto en Zamora, varias mercedes personales en diferentes partes del Reino y quitar varios censos que cargaban el mayorazgo de don Antonio de Luna.
Hasta San Clemente habían llegado las peticiones que los secretarios del rey habían recogido durante el viaje procedentes de toda Castilla y en una maratoniana sesión del ocho de marzo se redactaron una docena de cédulas para deshacer el atasco administrativo pendiente. Luego, es de suponer, que el día nueve de marzo, la comitiva real emprendió la marcha y tomó el camino en dirección a Las Pedroñeras. Sabemos que el día 20 de marzo estaba en Aranjuez, donde continuaron de nuevo las acciones de gobierno; el 25 de marzo el rey llegaba a Madrid y por fin el 3 de abril ya está emitiendo cédulas reales en San Lorenzo del Escorial.
Durante su estancia en San Clemente el rey no emitió documento alguno que beneficiara a la villa, aunque sí creemos que se tomaría una decisión trascendental: la división de la gobernación del marquesado de Villena en dos corregimientos.
